蓝藻出现先处理蓝藻而不是直接施肥和用藻种，因为蓝藻的繁殖能力强，如果施肥或用藻种是有可能肥料被蓝藻吸收，而有益藻繁殖不起来。处理蓝藻的方法主要采用物理方法，生物方法，不建议化学方法。

 

尤其蓝藻量很大的时候，必须先处理蓝藻再培养有益藻。降pH、降光照、水流动、开增氧及循环。黏土和活性炭吸附，增加溶解有机碳2-16mg/L，适当增加盐度抑制蓝藻，这些方法都可以抑制蓝藻，蓝藻得到抑制，可以用有益菌分解死亡藻类，再进行肥水。