淡水水产养殖中的常见藻类大致分为：蓝藻门、裸藻门、金藻门、甲藻门、隐藻门、硅藻门、绿藻门、黄藻门等。蓝藻、微囊藻（死亡后产生的毒素更大，抑制其它藻类生长）；螺旋藻（不易消化）、颤藻（不易消化）、平裂藻、项圈藻、鱼腥藻、微囊藻（易产生水华）。其中有的是有益藻类，则有的是有害藻。